晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰...

光和2年。 世界以重组的超合众国为中心统一，讴歌着和平的日子。 但和平却突然宣告结束。以面具男·零的身份随娜娜莉同行去难民营慰问的朱雀，被谜之Knightmare Frame打败， 两人被带走了。 奉修奈泽尔的密命潜入战士之国·吉尔克斯坦王国的卡莲、罗伊德、咲世子，遭到神秘的Geass使用者袭击。 而被袭击者称作“前向主”的C.C.也在那里。 以曾经连神圣布里塔尼亚帝国的大军都击溃过的无敌王国为舞...